Onion Information
Pretvorba formata alatom Open Babel - GASERI
Često nam u praksi trebaju različiti formati zapisa istih molekula za korištenje u različitim softverima za računalnu kemiju. Open Babel nam omogućuje pretvorbu između različitih formata
Onion Details
Page Clicks: 0
First Seen: 03/15/2024
Last Indexed: 09/18/2024
Onion Content
Pretvorba formata alatom Open Babel - Često nam u praksi trebaju različiti formati zapisa istih molekula za korištenje u različitim softverima za računalnu kemiju. Open Babel nam omogućuje pretvorbu između različitih formata. Na lijevoj strani biramo ulazni format i ulaznu datoteku ili klikom na Input below izravni unos zapisa molekule. Na desnoj strani biramo izlazni format i izlaznu datoteku ili klikom na Output below izravni ispis zapisa molekule. Ilustracije radi, možemo pretvoriti smi -- SMILES format neke molekule sa ChEMBL-a ili Wikipedije u sdf -- MDL MOL format . Ukoliko u ulazu unesemo više molekula, dobit ćemo isto to u izlazu, jer format SDF podržava više molekula i odvaja ih znakovima $$$$ . Opcije - Bez uključivanja dodatnih opcija dobit ćemo molekulu bez vodika tamo gdje bi trebali biti. Vodike možemo dobiti uključivanjem opcije Add hydrogens . Također molekula neće imati koordinate, odnosno imat će sve tri koordinate svih atoma jednake 0.00 . Uključimo li u opcijama Generate 2D coordinates , dobit ćemo približne koordinate molekule u 2D-u. Opcijom Generate 3D coordinates dobit ćemo koordinate u tri dimenzije. Takvu molekulu sad možemo koristiti za molekularni docking ili kvantnu kemiju. Author: Vedran Miletić