Onion Information

Page Clicks: 0

First Seen: 03/15/2024

Last Indexed: 09/18/2024

Domain Index Total: 397

Python modul RDKit - RDKit je otvorena programska biblioteka za računalnu kemiju. Omogućava vizualizaciju molekula, izračun molekulskih opisnika (engl. molecular descriptors ), modeliranje i manipulaciju kemijskim reakcijama te mnoge druge funkcionalnosti. U nastavku ćemo djelomično pratiti odjeljak Getting Started with the RDKit in Python , koji je dio službene dokumentacije RDKita i može poslužiti kao dopuna ovim materijalima. Za razumijevanje zadataka potrebno je osnovno poznavanje programskog jezika Python i pojmova iz kemoinformatike. Zadatke ćemo rješavati unutar okruženja Google Colab , koje nudi mogućnost pokretanja Jupyterovih bilježnica . U Google Colabu, Python kod se unosi kroz Python ćelije, a u tekstualnim ćelijama primjenjuje se jezik Markdown. O jeziku Markdown već smo raspravljali u temi Suradnički uređivač teksta HackMD i jezik Markdown . Naredbe u Linux terminalu zapisuju se u bilježnicu dodavanjem znaka ! ispred same naredbe. Na ovaj način, možemo instalirati RDKit korištenjem naredbe: U programskom jeziku Python, napisat ćemo programsku skriptu za crtanje spojeva koristeći njihov zapis u formatu SMILES . U nastavku je isječak programskog koda koji koristi module Chem i Draw za crtanje molekule: Zadatak - U Python programskom jeziku nacrtajte sljedeće kemijske spojeve: aceton , benzen i aspirin . Želimo li nacrtati dvije molekule jednu do druge, morat ćemo kreirati SMILES listu u kojoj ćemo pohraniti SMILES zapis molekula. Zatim ćemo pomoću petlje for kreirati slike molekula. To možemo postići na sljedeći način: Ispis SMILES zapisa - Tip objekta pohranjenog u varijabli molekula možemo provjeriti funkcijom type() . rdkit.Chem.rdchem.Mol je klasa koja predstavlja molekulu u RDKitu. Ova klasa ima različite metode i atribute koji omogućuju pristup raznim informacijama o molekuli, uključujući atomske podatke, veze između atoma i druge relevantne podatke o molekularnoj strukturi. Želimo li pretvoriti objekt molekula u znakovni niz u formatu SMILES, napisat ćemo sljedeće: Ako provjerimo kojeg je tipa objekt smiles vidjet ćemo da je u zapisu , dakle niz znakova. Ispišimo na ekran objekt smiles da dobijemo SMILES zapis molekule: Molekulski opisnici - Molekulski opisnici su kvantitativne reprezentacije određenih karakteristika molekula. Omogućavaju konverziju kompleksnih molekularnih struktura u numeričke podatke, čime se olakšava analiza i modeliranje. Iz modula Chem ćemo uvesti pripadni modul Descriptors za pristup molekulskim opisnicima. Primjer ispod koristi nekoliko različitih opisnika: Nacrtajte mravlju kiselinu (metanska kiselina) te ispišite na ekran molarnu masu i broj atoma u molekuli te broj valentnih elektrona. Pohrana slikovne datoteke - Slike generiranih molekula mogu se pohraniti na dva načina: Nacrtajte molekulu djelatne tvari lijeka naziva diklofenak . Pronađite o kojoj je djelatnoj tvari riječ i njezin popularni naziv. Sliku molekule, veličine 600x400 točaka, pohranite tako da se na samoj slici ispod nacrtane molekule nalazi i naziv lijeka. Koristite argument legend za ispis naziva lijeka ispod slike. Author: Matea Turalija